תום וגנר מנהל את משרד יחסי הציבור "וגנר – אסטרטגיה ותקשורת" המתמחה בקמפיינים ציבוריים, ועומד בראש "מרכז המזרח התיכון", המקיים פעילות דיאלוג ישיר בין עמי המזרח התיכון ומקדם יצירת תודעה אברהמית משותפת.

בעבר, כיהן וגנר בתפקידים כמו דובר ראש הממשלה אהוד ברק, יועץ התקשורת של שר הביטחון עמיר פרץ ודובר מרכז פרס לשלום (בראשות שמעון פרס). כיועץ תקשורת, ליווה וגנר שורה ארוכה של יוזמות דו קיום וארגונים בין לאומיים הפועלים לקידום דיאלוג ישראלי – ערבי, לרבות האיחוד האירופאי, הבנק העולמי ועוד. בשירותו הצבאי בצה"ל, היה וגנר אחראי על התיאום והקישור בין צה"ל למשטרה הפלסטינית בנפת יריחו.לאורך השנים, יצר וגנר רשת קשרים ושיתופי פעולה ייחודית עם פוליטיקאים, אינטלקטואלים ועיתונאים בעולם המוסלמי. בתחילת 2025 הוא היה ממקימי "התנועה האברהמית" המהווה פלטפורמה למפגשי זום ודיאלוג ישיר ברשתות החברתיות בין עמי המזרח התיכון, ולפיתוח תודעה אברהמית משותפת.

 כמנהל "מרכז המזרח התיכון" מקיים שורה ארוכה של יוזמות דיאלוג, החל מאירוח מרצים מהעולם המוסלמי לקהל הישראלי ביוטיוב,  דרך מפגשים בין רבנים לאימאמים ושיתופי פעולה עיסקיים ועד לקבוצות ואטסאפ ופייסבוק לדיאלוג עממי.וגנר הוא סופר זוכה פרסים, שספרו הראשון, "מלחמות הקנאביס" הפך לרב מכר וזכה בפרס הספרים העולמי (על המהדורה האנגלית שלו). ספרו השני, "המהפכה האברהמית", משרטט נוסחת שלום מזרח תיכונית חדשה שנכתבה בשיתוף פעולה עם מנהיגים ואינטלקטואלים מרחבי המזרח התיכון, פורסם בעברית, אנגלית וערבית. ספרו השלישי, "איחוד המאמינים" נכתב כספר הישראלי – פלסטיני הראשון, יחד עם הסופר הפלסטיני אליאס נאסרי באבון, עוסק בגישור בין דתי ופורסם בעברית. כיום נמצא וגנר בתהליך הכתיבה של ספרו הרביעי, "הסכמי כורש", יחד עם הסופר האיראני אראש חמדיאן.